L’organisation fonctionnelle du CIDR vise le renforcement de la cohérence et de l’efficience des départements par la mise en place de liens systématiques entre programmes de développement sur le terrain, recherche-développement opérationnelle , management des connaissances et renforcement des compétences.

Les quatre départements du CIDR ont en commun les fonctions suivantes :

 Ils définissent, à partir des orientations validées en Assemblée générale, leur plan d’orientation stratégique pluriannuel et coordonnent sa mise en œuvre ;
 Ils élaborent leur programme de travail annuel, accompagnent les cadres (responsables de programmes et conseillers techniques) dans la mise en œuvre des différents projets, assurent les missions d’appui méthodologique sur le terrain, et coordonnent les interventions d’experts et d’évaluateurs externes ;
 Ils définissent et mettent en œuvre une démarche de qualité basée sur des activités de recherche-développement et de management des connaissances ;
 Ils recrutent, forment et assurent la gestion de leurs ressources humaines ;
 Ils assurent les relations institutionnelles, la communication, et développent des partenariats stratégiques.

Les domaines de compétences de chacun des départements sont décrits dans la rubrique « Domaines de compétences »

Les programmes développés dans chaque département sont présentés dans la rubrique « Programmes en cours »